原告的举证责任：行政机关以相对人未提交证据证明被拆房屋系合法建筑为由，不予受理要求确认强拆行为违法的复议申请，属于认定事实不清、适用法律错误。

1、未听取陈述和申辩：涉案房屋属于违法建筑，但行政机关作出拆除违法建筑决定之前未听取相对人的陈述与申辩，程序违法。

2、 限期拆除通知内容不明确：限期拆除决定未载明违法建筑物和要求限期拆除建筑物的四至、面积等基本信息，依法应予撤销。

3、拆除通知告知内容不全面，超范围拆除：行政机关在催告相对人自行整改或拆除时要明确清理范围，采取强制措施时亦不能超出该范围。

4、强制执行决定未生效：相对人在法定期限内对强制执行决定既不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不履行行政决定的情况下，行政机关才能实施强制拆除。反之，强制执行决定尚未发生法律效力即实施拆除行为，程序违法。

5、未综合考虑建筑物的形成因素：在涉案建筑的形成符合特定条件情况下，拆除行为未考虑历史成因、立法状况、房屋来源等因素，侵害信赖利益，拆除机关对此未尽举证责任，作出处罚决定明显不当，应予撤销。

即使拆迁标的是违法建筑，也不能采用违法手段强拆，行政机关以该手段制裁相对人违法有违依法行政原则。鉴于涉案建筑具有一定历史条件和特殊性，行政机关违法实施强拆，应当适当补偿或赔偿。

6、以批复代替法定拆除程序：行政机关在拆违过程中以内部批复代替强制执行决定，忽略了法定拆除程序，程序严重违法，应予撤销。

7、侵害信赖利益：为配合重大项目建设，拆迁补偿协议约定相对人可以临时搭建房屋，行政机关在已经作出相应承诺的情况下，作出的限期拆除决定未考虑违法建设行为的事实、性质、情节，缺乏合理性。

8、以拆违之名行拆迁之实：行政机关无证据证明涉案房屋系违章建筑，借拆违之名，行拆迁之实，规避征收程序，应当确认违法。

区分拆除违章建筑物中合法利益与非法利益：拆除机关对建筑物本身的价值损失不予赔偿；在违章建筑被拆除时，拆除机关保留了现场证据，并将拆除后的剩余建筑材料交付被拆除人的，对拆除后的剩余价值材料不予赔偿。被拆除人以违法拆除行为造成建筑物内合法物品及建筑材料损失为由主张赔偿的，其应当提供拆除行为造成上述物品及建筑材料损失的相应证据。

农村无证房的认定：由于历史、风俗习惯等原因，农村建房长期管理较松，产权管理不到位，致使农村出现很多无证房屋。无证房屋不等于违章建筑，对征收范围内的此类建筑，政府应当组织有关部门依法进行调查、处理，而不是与违章建筑一概论之，不予补偿。当无证房屋遭遇违法拆迁时，人民法院应当综合考虑房屋来源、房屋建设的时间和动机、使用情况、居住利益、当时的立法状况等因素确定是否赔偿。

不签订征收补偿协议，按违章建筑处理：存在将涉案房屋纳入征收范围并通知被征收人签订征收补偿协议的事实，在被征收人未签订补偿协议情况下，行政机关作出责令限期拆除决定明显不当，应予撤销。因强拆行为违法给被征收人造成的损失应予赔偿。