根据《征补条例》、《土地管理法》以及《土地管理法实施条例》的相关规定，征收国有土地上的房屋程序包括以下几个方面：
1、征收项目必须要先立项，并且立项必须要符合相关的审查意见。比如国土资源部门出具的征收项目需要符合土地利用总体规划的意见、城乡规划部门出具的征收项目符合城乡规划和专项规划的审查意见等。
2、房屋征收主管部门必须要进行征收决定的公告。市、县政府要进行房屋征收之前必须要将相关的征收决定进行公告，被征收人可以在法定期限内对公告的内容提出异议。
3、被征收的房屋必须要进行实地调查并公布调查情况，有可能还要对房屋的实际情况进行拍照录像。房屋征收部门必须对被征收的房屋的房屋权属、区位、面积、用途、建筑面积等与房屋有关的情况进行调查，并进行登记存档。
4、选定评估单位要与被征收人一起。房屋征收管理部门在选定评估单位时必须要通知被征收人，与被征收人进行协商确定评估单位，如果实在协商不成的，才可以采用摇号、抽签或投票的方式决定。
5、拟定的征收补偿方案要报批。房屋征收部门拟定的征收补偿方案必须要报市、县人民政府批准。
6、征求公众意见，征收补偿方案至少需要提前三十日公告征求意见。
7、签订安置补偿协议，如果被征收人对安置补偿方案没有异议的，就可以在规定时间内到房屋征收部门指点的单位签订安置补偿协议。但是，被征收人要知道一旦签订了协议，被征收人就要受到协议的约束，如果有一方不履行协议的，另一方可以依照该协议提起诉讼。
8、补偿决定的作出。如果被征收人与征收人在规定时间的达不成协议的话，则可以由征收方报请市、县级人民政府做决定。
9、申请司法强制。如果被征收人在法定期间内不签约搬迁，不复议也不诉讼，则作出房屋征收决定的人民政府可以申请法院强制执行拆除程序。
10、安置补偿协议的履。征收方应当及时履行安置补偿协议，将货币补偿或产权置换及时补偿到户。
以上是一个合法的城市房屋征收的整个流程，如果被征收人发现征收人缺少了上述的一些环节，则征收方的征收行为可能就涉嫌违法。国务院公布《条例》的目的就是为了规范各地的征收活动，监督各地区的征收行为，保障被征收人的合法权利，让被征收人拿到合理的补偿。
（采晴整理）