首先，补偿标准的模糊，使得企业拆迁补偿没有明确的数额界定。
重点说企业的经营场地，多数是通过租赁，也有通过招拍挂或划拨的方式取得土地使用权的，企业投入较大的成本。其中，租赁的土地分为租赁国有土地和租赁集体土地两种，企业拆迁必然会导致这种租赁关系的终止，根据《国有土地上房屋与补偿条例》规定，拆迁补偿对象是国有土地上的建筑物及附属物，对空地或净地的补偿，拆迁法规并没有做出统一的规定。对集体土地上的建筑物拆迁也没有规定。而对于合法取得国有土地使用权的，土地管理法中关于国有土地使用权收回方面，仅规定给予适当补偿，但没有详细的规定。因此，企业拆迁补偿很难有个补偿的标准，大多数情况下拆迁方则会依据当地出台的一些政策来谈判，这种情况下，企业即使认为拆迁方给出的补偿不合理，但是因为自己缺乏相应的法律规定支持，往往很难达到一致意见。
其次，无形影响的补偿没有明确的法律依据而难于计算。
通常来说，拆迁方给予的补偿都是基于有形资产而言，例如土地、房屋、设备等，而对于停产停业损失的补偿多半都是靠争取的，对于无形影响的补偿就更是提也不会提了。然而对于企业来说，搬迁后重新选址重建或者因地理位置的差异要重新形成市场规模、宣传效果的投入，人力资源流失以及新招聘员工的培训投入等等无形因素的补偿，因为欠缺相应的法律依据而难于计算。
此外，因历史原因造成的土地使用权及地上物权属的名不正言不顺也阻碍补偿。
很多企业尤其是小规模企业当初设立的时候，都是出于地方政府招商引资所需，企业租赁农村的集体土地，也有个别是经过当地村委会或者乡镇政府之手而买到的地，但是这样的土地严格来讲根本就不是建设用地，当初用地的时候，地方政府为了促成引资会提供一切便利甚至帮助，可是一旦重新规划要征收土地的时候，企业所建房屋等地上物便会变为违法建筑，那么补偿自然也就低下来了。尤其是在承租关系中，企业因不是被征收人，其当初为了取得土地使用权而投入的成本利益是无法保障的。
（采晴整理）