棚户区改造基本程序依据土地性质不同，区分为国有土地上的棚户区改造程序和集体土地上的棚户区改造程序。
国有土地上的棚户区改造程序依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》所规定的程序实施征收行为；对棚户区所属地块为集体土地的应依据《土地管理法》《土地管理法实施条例》及国土资源部的《征用土地公告办法》所规定的程序实施。
一、国有土地上棚户区改造流程：
首先，应当符合公共利益的需要+四规划一计划，这是棚户区改造的启动程序和先决条件。
其次，征收方应当制定征收补偿方案并及时公布，并根据被征收范围内被征收人意见及时修改征收补偿方案，组织听证等。
再次，进行社会稳定风险评估后由市、县级人民政府作出征收决定。涉及人数较多的根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十二条第一款规定，应当经政府常务会议讨论决定。最后，将征收决定在征收范围内进行公告，与被征收人协商选定评估机构等。
二、集体土地上棚户区改造流程：
首先征收报批阶段程序，由市、县级国土资源局发布拟征地公告，并征询村集体经济组织和农民的意见，进行地籍调查和地上附着物登记并拟订“一书四方案”组卷上报审批。
其次征收实施过程中的基本程序要包含：征收土地公告；征收补偿登记；征收补偿安置方案制订、公告、听取意见（听证）并修改；征收补偿安置方案报批；征收补偿安置方案批准；补偿安置方案的具体实施等。
（采晴整理）