企业房屋被认定是违法建筑主要包含以下几种原因：
1、违反土地使用性质（常发生集体土地上建设的企业或厂房）；
2、因招商引资而没有补办手续（为了快速经营而无暇或无法补办手续）；
3、违章建筑的房屋曾受到相关部门行政处罚；
4、通过拍卖取得国有资产，但手续不完备；
5、企业或者厂房建设较早，法律法规不完善；
对于违法建筑应当区分不同的情况进行处理，不能“一刀切”不予补偿。按照2008年施行的《城乡规划法》规定，一般认为，违法建筑是指“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的”建筑，其中可以采取措施消除对规划实施影响的，可以通过罚款或改正等手段“转正”。
对于一些建造年代久远的建筑，因当时的法律并没有规定要取得诸如建设工程规划许可证等证件，而根据“法不溯及既往原则”，这类建筑不能认定为违法建筑。农村自建房在征收或拆迁时，也容易出现被认定为违法建筑的情形，但并不是所有的自建房都是违法建筑，需要根据建设时间、审批手续、适用法律等综合判断。
（采晴整理）