首先，棚户区改造拆迁是指对城镇危旧住房、环境条件差、房屋质量不合格等进行的征收拆迁。而城中村改造是指对由于城市的发展而逐渐被纳入城市管理体制内，或是被城市包围而形成的房屋进行征收拆迁。
虽然，二者都可归属于征收拆迁，但在城中村改造并不等于棚户区拆迁，二者存在巨大的不同，其区别甚至可能造成拆迁补偿的巨大差异。
从性质上看：
棚户区指是指城市建成区仍然存在的、属于棚户区性质的区域，棚户区范围内既有国有土地性质的房屋，也有集体土地性质的房屋。
而城中村是由于城市的发展而逐渐被纳入城市管理体制内，或是被城市包围而形成的，它区别于棚户区的显著特点是土地使用权性质为集体土地，居民户籍是农村户口。
其次，性质的不同造成了拆迁补偿的差异。
由于棚户区位于城市规划区内，因此不论是国有土地上的房屋，还是集体土地上的房屋，在实践中往往按照国有土地上房屋征收补偿标准进行补偿。
而城中村的建筑大多建设在自家的宅基地上，有着完整的土地使用权和部分房屋产权，因此在城中村改造项目中，村民往往能够得到较多的补偿。依各地政策不同，有产权置换、货币补偿以及二者结合三种补偿方式。
在实际的拆迁项目里，许多拆迁方明白棚户区改造与城中村拆迁补偿的差异，为了节约成本，利用人们对“棚户区”与“城中村”概念的混淆，将城中村拆迁项目当作棚户区改造来赔偿，或者是利用对相关政策与法律知识的不熟悉，在城中村改造项目中忽悠村民，以政府改造棚户区为由要求村民签订标准很低的补偿协议，这需要多多留意。
（采晴整理）