二、征收部门绝不能以产权关系不明确、被征收主体不明确为由就降低或不对被征收房屋进行补偿
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，被征收房屋所有权人不明确的，应按照征收补偿方案作出补偿决定，并予以公告，同时明确补偿决定应当公平。
新补偿条例相较于以往旧拆迁条例来说，为保障被征收人的合法权益，相关部门职能实现了回归，从商业拆迁转身为公益征收，法律关系亦由以往的拆迁补偿型转变为征收补偿型，相关部门不再作为中立的第三方，也不再享有行政裁决权。
征收双方由纯粹的平等主体变成一方为政府，另一方为行政相对人，补偿协议亦由纯粹的民事协议变为带有公法色彩的行政协议。
对于产权不明的被征收房屋作出补偿决定，是行政法规赋予政府的一项法定职责，其不能也无权拒绝，不能因为被征收主体不明确，就降低或不对被征收房屋进行补偿。
因为在公益征收过程中，按照国家逻辑和行政管理规律运作，是否征收、补偿标准如何都因征收的公益性而具有一定的行政强制执行力。也就是说，哪怕对补偿对象有争议，征收方也必须依法作出补偿决定，而不能因被征收物产权不明而影响整个征收工作的进程。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条规定，对于产权不明的房屋，也应该严格按照征收补偿方案的要求作出补偿安置。
三、产权不明确的房屋征收补偿程序
通常情况下对产权不明房屋补偿安置应当通过以下程序进行，以确保补偿安置方案的公平、合理。
首先 是报请程序。房屋征收部门或者其委托的房屋征收实施单位是房屋征收具体工作的实施者，其应当对房屋征收范围内的房屋的权属组织进行调查登记，在调查登记后发现特定房屋属于所有权不明状态的，应当将上述情况报告做出房屋征收决定的市、县级人民政府，房屋管理部门作出征收补偿安置方案。
其次 是做出补偿决定。在做出房屋征收决定的市、县级人民政府收到报请程序后，应当根据已经做出的补偿方案，并根据房地产评估结果，制定出对征收产权不明的补偿决定，且补偿决定应当体现公平公正的原则。
最后 是公告程序。在前面两项都完成的情况下，市、县级人民政府应当将对于产权不明房屋的补偿决定在房屋征收范围内予以公告。而公告的目的就在于将房屋征收情况告知房屋权利人，通过公告，如果房屋权利人对补偿决定不服的，可以通过行政复议以及行政诉讼进行维护自己的权益。