根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条的规定，房屋征收部门系签订征收补偿协议的主体，因此，对于非该类主体签订的协议因主体不适格导致协议存在法律效力上的瑕疵。实践中，房地产开发公司、村委会等签订协议的情况屡见不鲜，这无疑是不合法的。
另一方面，签订合同的另一方主体也不适格，即非房屋的产权人或者遗漏房屋产权人。在燕薪律师最近代理的案件中，即出现了夫妻双方共同财产，但拆迁协议仅有一方签字的情形。显然这是违反《物权法》第九十七条（《物权法》第九十七条：“处分共有的不动产或者动产以及对共有的不动产或者动产作重大修缮的，应当经占份额三分之二以上的按份共有人或者全体共同共有人同意，但共有人之间另有约定的除外。”）、合同法第五十一条（《合同法》第五十一条：“无处分权的人处分他人财产，经权利人追认或者无处分权的人订立合同后取得处分权的，该合同有效”）及《最高人民法院关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见（试行）》第八十九条（《最高人民法院关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见（试行）》第八十九条：“在共同共有关系存续期间，部分共有人擅自处分共有财产的，一般认定无效”）之规定，协议系应认定为无效。
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