首先，企业可以自行判定行政部门的查处、扣押行为是否合乎法律规定。行政部门的查封、扣押行为属于《行政强制法》中规定的行政强制措施，此类行为的实施应当严格按照法律规定进行。根据《环境保护法》的第二十五条的规定可知，企业单位在违反法律法规规定排放污染物，造成或者可能造成严重污染的，相关行政部门可以查封、扣押造成污染物排放的设施、设备。由此可见，在企业违法排放污染物，造成严重污染的情况下，相关行政部门可以查封、扣押企业机器设备，但是该类机器设备只能是造成污染物排放的设备。而在实践中，部分行政部门一刀切，查封不造成污染物排放的机器设备的行为，扩大了查封、扣押范围，属于违法行为。
其次，企业可以判定行政部门是否按照法定的程序实施的查封扣押。行政部门实施查封扣押必须按照严格的程序进行，主要包括几个方面，即前期的调查取证是否经部门负责人的批准；实施查封、扣押时，当事人是否到场，且知晓查封扣押的依据；实施查封、扣押时，是否制作查封扣押清单和决定书等；决定书中是否载明当事人有复议、诉讼的权利以及期限等。
此外，根据《行政强制法》第二十五条的规定可知，查封、扣押的期限不得超过三十日；情况复杂的，经行政机关负责人批准，可以延长，但是延长期限不得超过三十日。因此在实践中，行政部门不得一直扣押企业的机器设备，行政机关查封扣押企业机器设备超过法定期限的，企业可以根据该违法点提起行政诉讼维护自己的权利。
因此，企业在遭遇机器设备查封扣押时，可以从以上的几点进行分析判定行政机关的查封扣押行为是否合法，是否按照法定的程序进行。对于行政机关查封扣押过程中的违法点，企业可以选择直接提起行政诉讼，维护自己的权利。
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