从大部分的水源保护区关停判例来看，行政机关主要依据《水污染防治法》进行处罚。
《水污染防治法》第65、66条规定，饮用水源地一级保护区、二级保护区内禁止建设新、改、扩项目，对于已建成的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭。其中，一级水源保护区内要求不得存在与保护水源无关的企业，而二级水源保护区内则不得建设排放污染物的建设项目。由此可见，上述法条直接明确了水源区内关停企业的具体情形，所以该法条的适用将直接决定企业的利益走向。
上述法条虽然规定的县级以上政府具有拆除或关闭的职权，但是执行该职权是具有前置条件的。只有企业位于水源保护范围，且属于新改扩，或已建成的排污企业才能由县级以上政府拆除或关停。所以，企业要考虑自身是否合法，是否可以不被关停:
企业是否位于水源保护区内？
企业如果不位于保护范围，就不能被处罚。我国水源保护区依据为对取水水源水质影响程度大小，将水源保护区划分为水源一级、二级保护区，按功能不同划分生活饮用水水源地、风景名胜区水体、重要渔业水体等水源保护区。所以不同的性质、级别的水源保护区所确定水源保护范围亦会不同，即便是同一水源保护范围内因各水域流域面积不同也会有所不同。所以，行政机关依上述法条对企业做出处罚时，必须提供准确的水域保护范围，以此确定企业确实位于保护范围。实践当中，很多行政机关和企业对保护范围认定问题都存在依据生活经验做法律判断的情形，但邻近不等于位于，只有依据具体的界桩图认定保护范围才合法。
（采晴整理）