从大部分的水源保护区关停判例来看，行政机关主要依据《水污染防治法》进行处罚。
《水污染防治法》第65、66条规定，饮用水源地一级保护区、二级保护区内禁止建设新、改、扩项目，对于已建成的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭。其中，一级水源保护区内要求不得存在与保护水源无关的企业，而二级水源保护区内则不得建设排放污染物的建设项目。由此可见，上述法条直接明确了水源区内关停企业的具体情形，所以该法条的适用将直接决定企业的利益走向。
上述法条虽然规定的县级以上政府具有拆除或关闭的职权，但是执行该职权是具有前置条件的。只有企业位于水源保护范围，且属于新改扩，或已建成的排污企业才能由县级以上政府拆除或关停。所以，企业要考虑自身是否合法，是否可以不被关停:水源保护区是什么时间划定的？
如果企业成立在先，水源区划定在后，则不应在适用上述法条。以饮用水水源二级保护区为例，在二级水源地内不允许存在排放污染物的建设项目，已建成的排放污染物的建设项目，应当责令拆除或者关闭。但对于该条理解的关键在于，其规定的内容是属于行政处罚、行政命令还是其他行政行为性质的认识问题。对此，我们认为，应当视企业的具体情况来认定“责令拆除或者关闭”的性质，大致分为以下两种情形：
其一，如果企业在水源保护区范围划定之前已经建成，且各项生产和环境评价手续齐全，只是由于后来被划入水源保护区范围，而不能够再继续生产，这种情况下，由于生产企业本身不存在违法情形，不应当把行政机关作出的关闭决定理解为行政处罚，而应当视为原来对行政相对人作出的行政许可，由于条件的变化而进行的许可撤回行为。
其二，如果之前已经建成的项目，其生产或环境评价手续未办理即投入生产，由于企业自身存在违法行为，这种情况下行政机关作出的“责令拆除或者关闭”的决定应当视为行政处罚。
（采晴整理）