根据行政比例原则，行政机关在对违法建筑作出行政处罚决定时，应当兼顾行政处罚目标的实现与行政相对人权益的保护，不应“一刀切”的对任何情形的违法建筑，肆意采取限期拆除的处罚方式，而应针对不同情况加以区分，并根据实际对法益侵害程度的大小，设定相应的行政处罚责任。这既能保障公权力行使的效率，使违法建筑更快的恢复为“合法”状态，也能约束公权力在合理的范围内施加惩戒，是公法限制公权力的题中应有之义。
按照《城乡规划法》等法律法规的规定，对于违法建筑，行政机关可采取责令停止建设、限期改正、限期拆除、没收实物等行政处罚措施，同时可并处罚款。从目的上看，责令停止建设主要适用于尚处于建设中的违法建筑，从根源上阻却不动产物权的形成；限期改正主要适用于程序性违法或者违法程度不明显，可以依靠事后进行补救以消除违法状态的情况；限期拆除主要适用于建筑存在违反实体性、禁止性法规的情况，只有使违法的建筑灭失才会消除不利影响；没收实物主要适用于严重违法，但由于公共利益等原因无法拆除的情况。
根据《行政处罚法》第四条第二款之规定，设定和实施行政处罚必须以事实为依据，与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当。因此，当针对违法建筑的行政处罚力度，明显超过了违法建筑的不法程度时，行政相对人就有权要求撤销或者变更既定的行政处罚措施，以维护自身权利。
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