区别一、土地性质不同：
农村房屋拆迁，一般是用来修建高铁呀，高速公路呀等等基础设施建设。而这里的农村的房子是指那些建在土地属于集体经济组织所有上的房子，与城市那些土地属于国家所有的并不相同。
棚改区是指在城市建成区范围内，平方密度大、适用年限久、房屋质量差、人均建筑面积小、基础设施配套不齐全、交通不便利、治安和消防隐患大、环境卫生脏、乱、差的区域。也就是说棚改区的土地是国有土地。
区别二、法律适用不同：
房屋拆迁适用于《土地管理法》的相关规定。
而对于棚改区，因为其属于国有土地，所以适用于《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定。
区别三、补偿标准不同：
相信无论是拆迁也好棚户区改造也罢，大家最关心的还是补偿问题，毕竟这关乎到自己的根本利益。
农村房屋拆迁补偿是将宅基地和房屋拆迁分开补偿的。由于宅基地的产权属于村集体，因此，这部分补偿归村集体所有，不会直接给宅基地使用人。而房屋的产权属于村民私有，因此房屋补偿归村民所有。村民的宅基地被征收后，如果没有其他宅基地，那么村集体要给村民重新分配宅基地，让村民在新的宅基地上建房子。
棚户区补偿则是根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十九条的规定，是以类似房屋的市场价值作为补偿的计算基础。由于各个城市的补偿标准不一样，所以在签拆迁协议前，还需多关注一下当地的政策信息。
（采晴整理）