首先，国有土地上的棚户区改造程序是要根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第八条第九条确定房屋征收符合公共利益的需要；符合四规划一计划这是棚户区改造的启动程序和先决条件。同时，依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十条、第十一条制定征收补偿方案并及时公布，并根据被征收范围内被征收人意见及时修改征收补偿方案，组织听证等。
其次，进行社会稳定风险评估后由市、县级人民政府作出征收决定。涉及人数较多的根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十二条第一款规定，应当经政府常务会议讨论决定。这是作出房屋征收决定的决策程序，当然也是法定程序。
最后，将征收决定在征收范围内进行公告。与被征收人协商选定评估机构等。对于集体土地上的房屋征收基本程序，征收报批阶段程序，由市、县级国土资源局发布拟征地公告并征询村集体经济组织和农民的意见，进行地籍调查和地上附着物登记并拟订“一书四方案”组卷上报审批。其次征收实施过程中的基本程序，有征收土地公告;征收补偿登记;征收补偿安置方案制订、公告、听取意见(听证)并修改;征收补偿安置方案报批;征收补偿安置方案批准;补偿安置方案的具体实施等。
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