第一：乱占耕地建房
根据土地管理法的规定，我国土地实行严格的用途管制制度。农用地只能用于农业用途，比如种植粮食、种植经济作物等；宅基地严格说来属于集体建设用地，主要用于村民建造住房；集体经营性建设用地，虽说也属于集体建设用地，但其用途是要具备生产经营性质的，比如过去的乡镇企业用地。因此，土地必须按其规定的用途使用，不能随意更改用途，除非经过审批。乱占耕地建房就属于将农用地“非农化”了，不符合土地用途管制制度，违反了土地管理法的规定，所以这种情况是不会予以确权的。
第二：违法生态保护红线管理要求的建房，
主要有自然保护区、饮用水水源保护区及其他划入生态保护区域的地方。如果在这些区域内建房，那不仅房屋不能被确权登记，还会面临被拆除的处理。
第三：城镇居民非法购入的宅基地
根据相关规定，农村宅基地只能分配给本集体经济组织成员建房居住生活使用的集体建设用地。不属于村集体的城镇居民不能自行购买农民的房屋，这样的交易行为不受法律保护，为政策所明令禁止。
第四：小产权房
小产权房主要指建造于集体建设用地上，违规对外出售的房屋。这类房屋虽可能持有村委会或者乡镇政府发放的“权利凭证”，但却不具备依法在自然资源和规划部门确权登记的资格。