合法行政原则是《行政诉讼法》的基本原则之一，其中包括实体合法和程序合法两个方面。程序合法作为实体合法的重要保证，是指行政机关作出任何行政行为，均应按照相应的法定程序进行，即使行政相对人违法在先，行政机关纠正违法行为也应当严格按照法定程序履行职责。《行政强制法》第四章规定了行政机关强制执行的程序，包括（1）行政机关作出强制执行决定前，应当事先催告当事人履行义务，催告应当以书面形式作出；（2）行政机关应当充分听取当事人的意见，对当事人提出的事实、理由和证据，应当进行记录、复核；（3）当事人提出的事实、理由或者证据成立的，行政机关应当采纳；（4）经催告，当事人逾期仍不履行行政决定，且无正当理由的，行政机关可以作出强制执行决定等。由此可知，即使建筑是违法的，行政机关也不能随意拆除被拆迁人的违法建筑，必须按照法律规定的程序进行。
其次，行政机关如果强制拆除的话，也只能拆除被拆迁人的违法建筑本身，但是组成建筑物的建筑材料和建筑里的其他物品仍然属于被拆迁人的合法财产，如果因为强拆行为给被拆迁人的合法财产造成损失，行政机关也需要承担赔偿责任。当然，如果行政机关能够证明自己的强制拆除是合法的，且手段、方式科学、适中，妥善保管屋内屋外产品，被拆迁人的财产损失是因为被拆迁人自身造成的，则行政机关对该损失可以不予赔偿。总而言之，行政机关在查处违法建筑时也要按照程序、履行审慎注意义务，对违法建筑中的合法财产进行清空和妥善保管。
（采晴整理）