从大部分的水源保护区关停判例来看，行政机关主要依据《水污染防治法》进行处罚。
《水污染防治法》第65、66条规定，饮用水源地一级保护区、二级保护区内禁止建设新、改、扩项目，对于已建成的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭。其中，一级水源保护区内要求不得存在与保护水源无关的企业，而二级水源保护区内则不得建设排放污染物的建设项目。由此可见，上述法条直接明确了水源区内关停企业的具体情形，所以该法条的适用将直接决定企业的利益走向。
上述法条虽然规定的县级以上政府具有拆除或关闭的职权，但是执行该职权是具有前置条件的。只有企业位于水源保护范围，且属于新改扩，或已建成的排污企业才能由县级以上政府拆除或关停。所以，企业要考虑自身是否合法，是否可以不被关停:
是否有保障企业的合法权益？
应当保护水源区内合法企业的程序性利益及实体性权利。
就程序性利益而言，虽然《水污染防治法》没有明确规定关闭的程序，但是关停作为一种行政机关对违法行为的处罚，应当参照行政处罚法的有关规定，遵循先行调查，召开听证会等程序，以此保护企业的程序性权利。
而就实体性权利，那就是考虑对关停企业的补偿问题。如果企业无法继续生产，那就必然涉及补偿问题的解决，因此，我们认为行政机关在对水源保护区作出关停整治时，应当制作相应的关停实施方案及补偿标准，在关停企业之前先行予以补偿，以此保障企业的合法权益。
（采晴整理）