从大部分的水源保护区关停判例来看，行政机关主要依据《水污染防治法》进行处罚。
《水污染防治法》第65、66条规定，饮用水源地一级保护区、二级保护区内禁止建设新、改、扩项目，对于已建成的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭。其中，一级水源保护区内要求不得存在与保护水源无关的企业，而二级水源保护区内则不得建设排放污染物的建设项目。由此可见，上述法条直接明确了水源区内关停企业的具体情形，所以该法条的适用将直接决定企业的利益走向。
上述法条虽然规定的县级以上政府具有拆除或关闭的职权，但是执行该职权是具有前置条件的。只有企业位于水源保护范围，且属于新改扩，或已建成的排污企业才能由县级以上政府拆除或关停。所以，企业要考虑自身是否合法，是否可以不被关停:
要审视行政机关作出处罚的原因是什么？
如果企业没有直接或间接对水体产生影响，就不能被认定为排污企业。实践中，行政机关主要只要认为企业生产过程中存在固体残渣、气体粉尘、污废水等排放行为，就会认定企业属于排污企业。但是企业有排放行为是否就等同于排污企业，只是一个值得商榷的问题。所以生产过程中由排放行为但未造成水体直接或间接污染的生产企业，其即便位于水源区保护范围之内，也不应当受到上述法律的处罚。
（采晴整理）