对于违法建筑处罚时效的起算时点的认定，应从本质上考察违法建筑对法益的侵害程度，并分别适用不同的起算时点：
一方面，对于违反《土地管理法》之规定，在未依法办理合法用地手续，未获得土地使用权利之前即侵占土地进行违法建设，并在之后一直未却得用地审批手续，地上违建严重侵占国家对土地的管理权力，属于实质性的违法建筑，应适用资格说的观点：房屋存续即是违法状态的存续，不适用两年的行政追责期限；
另一方面，对于已经取得合法用地手续，但违反《城乡规划法》之规定，未获得规划许可或未按规划建设的建筑，属于程序性的违法；而政府部门也应对建筑未依法办理相关手续或者未按规划建设承担及时查处的责任。对于已经封顶建成，建设行为消失，政府执法机关以违法建筑存续为由不适用两年处罚时效，对违法建筑实施行政处罚行为的，是对行政相对人信赖利益的严重损害，也不利于行政机关行政效力的提升。因此，对此种情况应适用行为说的观点：从建设行为消失作为起算时点，适用两年的行政处罚追责期限，过期则不应予以行政处罚。
除以上分类外，还有诸多标准对违法建筑进行划分。违法建筑虽然是建造行为违反公法之物，但同样构成私法之物，符合不动产的构成要件。换言之，违法建筑虽然具备一定的社会危害性，但尚存民事利益附于其上。在遏制违法建筑时，应在尊重既有违法建筑资源价值的前提下作甄别处理，同时应限制行政处罚的打击力度。
（采晴整理）