在实际生活中，农村房屋产权问题一直比较棘手，由于历史遗留问题较多、变动大、情况复杂，有的省份和地区对宅基地审批和建房审批程序健全，登记档案完备。有的地方在农村用地及建房方面管理混乱、无序甚至无据可查。因此，对农村集体土地上房屋产权的认定没有一定之规，而是各地根据权属登记和用地、建房审批的现实情况进行掌握。一般来说，以下文件可以作为房屋权属来源的证明文件使用：（1）房屋所有权证；（2）宅基地使用权证；（3）农村建房审批表或许可证；（4）集体经济组织对宅基地使用权的统计、登记。
如果宅基地一直在使用，并且宅基地使用权证也没有被依法收回或者更换的话，那么宅基地使用权证就仍然是有效的。但是宅基地使用权证并不是认定补偿的唯一依据。就北京市的情况而言，根据北京市政府出台的《北京市集体土地房屋拆迁管理办法》的规定，征收补偿中认定的宅基地面积应经合法批准，且不超过控制标准。未经合法批准的宅基地不予认定。因此，在征收时并非单纯按照宅基地使用权证上标明的面积补偿，还应当将宅基地使用权证上标明的面积与当地政府规定的控制标准进行比较，看看是否一致。
对农村基地征收补偿款的确认和计算，各地规定不同，比如，上海市2011年印发的《上海市征收集体土地房屋补偿暂行规定》就对宅基地被征收时应获得的补偿款计算进行了如下说明：宅基地使用人或者居住房屋所有人可以选择货币补偿，也可以选择产权房屋调换。选择产权房屋调换的，应当结清货币补偿金额与产权调换房屋价格的差价。
最终，无论宅基地的补偿标准如何计算，都必须遵循《物权法》第42条的红线，即保障被征收人生活和居住水平不降低。
（采晴整理）