第一，在法律上两者的定义有很大的差别，城中村的形成大多属于城市扩张时，在2004年以前农转非遗留下来的问题，城中村的土地还是属于集体所有制，正因为城中村处于城市的规划区内，甚至是有些城中村的地理位置十分便利，在2004年以后农转非被国土部门叫停，因为这种方法超越了土地征收程序，一些地方的操作也十分混乱，在遇到拆迁的情况时，因为城中村的土地性质还属于集体所有制，一般赔偿标准都是参照集体土地上房屋拆迁管理办法补偿，而棚户区改造实际上是指城市房屋征收，一般是按照国有土地上房屋征收与补偿条例补偿。
因此同为改造，城中村改造和棚户区改造的最大区别就在于，城中村改造的土地很多是在农民集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，所以叫做“乡产权”，又叫“小产权”。这种房子对于城中村本身的居民是无伤大雅的，但是对于外来购买居民则是大忌，因为没有产权，无法卖出和转让，就变得十分不靠谱。
但是棚户区改造则与之不同，因为棚户区本身的土地性质就属于国有土地，在此进行的改造其房子产权一般即为大产权，国家会发放的土地使用证和预售许可证，购房合同国土房管局也将会给予备案。外来居民购买棚户区改造的房子也不用担心产权问题，可以领到大红本，日后房子也可以进行买卖和转让。
第二，两者的补偿计算方法也不一样，棚户区改造按照市场比较法来计算被征收房屋的补偿金额，而城中村拆迁过程中补偿标准就比较凌乱，一般是按照房屋的建造价格来计算补偿金额。
第三，两者补偿的流程不同，棚户区改造的征收程序一般是入户调查，制定征收补偿方案，正式发布征收补偿方案，选取评估公司，发布公告，协商，申请法院强拆等一些程序，总的来说流程上比较繁琐，也显得比较正规。而城中村补偿相对来说就简单明了，补偿方案可以征求拆迁户的意见，可以选取评估公司，可以申请行政机关迁拆，当然，也可以不进行上面的这些流程进行强拆，相对于棚户区改造来说，城中村拆迁程序十分混乱，这也就是我们平常经常见到城中村拆迁过程中经常发生暴力争端，而棚户区改造就相对平稳很多。
棚户区改造和城中村改造补偿项目差距较大，小编认为，两者都是为了让老百姓生活的更舒适，更便利，更符合城市规划。但是两者有本质的区别，绝对不可以混淆，避免单方面被政府认定为是棚户区或城中村。
（采晴整理）