《最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第12条第2款规定：征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿的，补偿安置时房屋所在的区域已经纳入城市规划区的，那么土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应当应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。
棚户区改造中，集体土地上房屋的拆迁补偿方式，通常也是分为货币补偿和产权调换两种方式。
货币补偿：
由于棚户区特殊的地理位置，即位于城区内，如果完全按照农村集体土地上的补偿标准进行补偿的话，会大大降低被拆迁人的生活水平。
因此，在实践中，补偿标准可以参考国有土地上房屋的征收补偿标准，即可以参考周边的市场房地产价格，但应当扣除已经取得的土地补偿费。
产权置换：
可以参照国有土地上房屋征收产权置换的标准。
（采晴整理）