既然无证房屋产生的原因是多种多样的，而房屋又是公民最重要的私有财产，是家庭生活最基本的保障，对其性质的认定就必须谨慎，必须严格遵守以下原则。
1、尊重财产权原则。不管房屋证件是否齐全，都是人们投入人力、物力建造的居住场所，是被征收人最重要的私有财产，是生活安定的基石，因此在无证房屋的处理上，尊重财产权原则是必须考量的。
2、法不溯及既往原则。无证房屋产生的第一大原因就是历史政策问题，对于这一批房屋，无证并未违反当时的法律规定，应该坚持法不溯及既往原则，这也是对公民信赖利益保护的基本要求。
3、区分处理原则。房屋征收中会遇到各种类型的无证房屋，这些无证房屋的形成原因各不相同，如果对所有无证房屋都采取“一刀切”的处理方法，显然是不合理的。只有根据具体情况区分处理，采取相应的措施，宽严相济之下，才能充分保障被征收人的切身利益。
对于无证房屋的性质认定，征收方还应符合法律规定的程序要求：
《征收条例》规定，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿;对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
也就是说，在对无证房屋作出性质认定时，相关部门必须依法就未登记房屋的建筑时间、地址、用途、面积、结构、所有人、使用人进行全面、客观、公正的调查，从而得出结论。行政机关没有依据作出的违法建筑认定书本身就是违法的。
（采晴整理）