1、农村土地征用和补偿程序不规范。用地单位未批先征，在未取得人民政府颁发用地批准文书之前，直接与农村基层组织自行确定征用土地的用途、范围、征地补偿标准和农业人口安置办法等事项。农村集体组织擅自将土地使用权出让、转让或出租用于非农业建设。土地补偿、失地农民的安置方案等事关农民切身利益的重大事项，不是由土地行政主管部门组织实施，而是多由用地单位和农村基层组织直接负责实施。依法应当公告的征地事项没有向基层群众，特别是失地农民公开，广泛征求意见。少数村级组织对征地补偿费用收支帐目和对农户的补偿分配不公开，暗箱操作，常常引发农民的不满和上访。
2、征地补偿标准偏低，补偿费用分配不公。由于现行土地法规对征用土地的补偿标准不具体，上下限差距很大，在实际执行中很多用地单位往往取下限标准，补偿费用与土地和劳力安置的实际状况不符，标准明显偏低。少数农村基层组织与用地单位相互串通，隐瞒真相，高标准补偿到村，低标准补偿到户。土地补偿费用在农村集体经济组织内部的分配，没有明确的分配方案，不公开征求集体组织成员的意见，特别是土地经营权流转、婚丧嫁娶等情况未认真加以考虑，造成了分配上的不合理。
3、土地补偿资金管理不严，截留、挪用、克扣等现象较为突出。土地补偿资金应用于对失地农民的补偿，专款专用，但有的基层组织却扩大了支出范围，用来支付业务招待费、补发干部工资、修建办公房，借给其他单位和个人营利；少数地方白条支出，甚至无帐可查。征地补偿的各项费用应在征地补偿、安置方案批准之日3个月内全额支付，但由于拨付环节过多，失地农民不能及时足额得到补偿费用，层层截留、挪用、克扣等严重损害了农民的利益。地上附着物和青苗补偿费用，应归其所有者所有，但实际操作中，因未直接补偿到户，不少被基层单位挪用和克扣。
4、失地农民得不到妥善安置或足够的补偿。现行土地法规对农民的安置补偿标准为该地土地前三年平均年产值的10至16倍，最高不超过30倍，但实际执行的标准偏低，往往难以使他们保持原有生活水平。农民安置形式过于简单，一般由村集体经济组织内部予以安置，或者一次性补偿一定的费用，农民就业和养老未从根本上解决。少数村级组织既不妥善安置失地农民，又不及时足额兑现安置补助费用，使农民的基本的生产和生活受到了很大影响。
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