一、在农村有两处宅基地，两处都能登记发证吗？
1.如果是因为继承的原因造成有两处宅基地是可以登记的。但是要在《土地登记簿》和土地证书记事栏中注明“该权利人为本农民集体原成员合法继承人”
2.《土地法》规定一户只允许有一处宅基地，如在调查中发现一户有多处宅基地的，只确权登记一宗，其他宗地只调查不登记。
二、哪些宅基地使用权，能够登记发证呢？
1、宅基地使用权调查有一个原则，就是全面调查。我们说的全面调查是所有的农村宅基地。无论是合法的还是非法的、已登记的还是没有登记的、无争议的还是有争议的，都要调查清楚。
2、广大农民朋友使用的宅基地，只要符合“权属合法、面积准确、资料齐全”的要求，都可以登记发证。
三、和邻居有纠纷，对方一直不指认双方的权属界线，能申请宅基地使用权登记吗？
这要分两种情况：
1、如果双方确有土地权属争议，调查员应当组织双方调解，调解成功的制作土地权属争议原由书，调查完成后可以登记发证。调解不成的，按争议地暂时不登记。
2、双方在土地权属上没有纠纷，是其它原因造成的不配合，无故缺席指界或者到场但不签字确认。像这种情形，我们也有规定，调查员可以根据土地权属来源资料及另一方指界确定界线，然后将现场调查结果及违约缺席定界通知书送达对方，对方如果对调查结果有异议，须在收到调查结果之日起15日内重新提出划界申请，逾期界线生效。通过这种方式确定界线后，可以申请登记。
（采晴整理）